Cluster Locator, una herramienta en línea para el análisis y la visualización del agrupamiento de genes en cinco organismos modelo.

En organismos eucariotas, los grupos de genes que comparten función no están distribuidos de manera aleatoria en el genoma. En nuestro laboratorio investigamos la posibilidad de entrenar algoritmos de aprendizaje automático para predecir nuevas funciones de genes a partir de sus ubicaciones relativas en el genoma. En esa línea, hemos comenzado a desarrollar herramientas de análisis que permitan estudiar sistemáticamente los patrones de distribución de listas de genes. Hemos implementado “Cluster Locator”, una herramienta en línea (disponible en http://clusterlocator.bnd.edu.uy/) que permite caracterizar la manera en que los genes de una lista proporcionada por el usuario están distribuidos a lo largo del genoma al que pertenecen, calculando además la significancia estadística de esa distribución. Con esa herramienta ya hemos caracterizado la distribución de cientos de grupos funcionales en cinco organismos modelo; Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans y Saccharomyces cerevisiae. __________________ Flavio Pazos Obregón*1,2, Pablo Soto1, José Luis Lavín3, Ana Rosa Cortázar3, Rosa Barrio4, Ana María Aransay3,5, Rafael Cantera1,6 1: Departamento de Biología del Neurodesarrollo, IIBCE, Motevideo, Uruguay. 2: Instituto de Matemática y Estadística “Rafael Laguarda”, Facultad de Ingeniería, UDELAR, Uruguay. 3: Plataforma de Análisis del Genoma, CIC bioGUNE, Derio, España. 4: Unidad de Genómica Funcional, CIC bioGUNE, Derio, España. 5: CIBERehd, ISCIII, Madrid, España. 6: Departamento de Zoología, Universidad de Estocolmo, Suecia. * fpazos@iibce.edu.uy
  • Cluster Locator, una herramienta en línea para el análisis y la visualización del agrupamiento de genes en cinco organismos modelo.
  • 2017-10-06T10:30:00-03:00
  • 2017-10-06T11:30:00-03:00
  • En organismos eucariotas, los grupos de genes que comparten función no están distribuidos de manera aleatoria en el genoma. En nuestro laboratorio investigamos la posibilidad de entrenar algoritmos de aprendizaje automático para predecir nuevas funciones de genes a partir de sus ubicaciones relativas en el genoma. En esa línea, hemos comenzado a desarrollar herramientas de análisis que permitan estudiar sistemáticamente los patrones de distribución de listas de genes. Hemos implementado “Cluster Locator”, una herramienta en línea (disponible en http://clusterlocator.bnd.edu.uy/) que permite caracterizar la manera en que los genes de una lista proporcionada por el usuario están distribuidos a lo largo del genoma al que pertenecen, calculando además la significancia estadística de esa distribución. Con esa herramienta ya hemos caracterizado la distribución de cientos de grupos funcionales en cinco organismos modelo; Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans y Saccharomyces cerevisiae. __________________ Flavio Pazos Obregón*1,2, Pablo Soto1, José Luis Lavín3, Ana Rosa Cortázar3, Rosa Barrio4, Ana María Aransay3,5, Rafael Cantera1,6 1: Departamento de Biología del Neurodesarrollo, IIBCE, Motevideo, Uruguay. 2: Instituto de Matemática y Estadística “Rafael Laguarda”, Facultad de Ingeniería, UDELAR, Uruguay. 3: Plataforma de Análisis del Genoma, CIC bioGUNE, Derio, España. 4: Unidad de Genómica Funcional, CIC bioGUNE, Derio, España. 5: CIBERehd, ISCIII, Madrid, España. 6: Departamento de Zoología, Universidad de Estocolmo, Suecia. * fpazos@iibce.edu.uy
  • Cuándo 06/10/2017 de 10:30 a 11:30 (America/Montevideo / UTC-300)
  • Dónde Salón de Seminarios. Centro de Matemática
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